ご存知かもしれませんが、1601は振り子装置の関係の試運転をしております。
その関係で、1601（M3）の運用を、1000系（B4）で代用して運転しております。

今も１６０１は試運転のために、常滑あたりを走り回ってるのですよね？
で、普段の１６００系の所を１０００系で代用してるってことは、吉良吉田とか
に１０００系が入ることもあるのですか？

吉良吉田には１０００系は入れないと思います。
車両が４両で車体が長いので・・・　西尾までなら入れますけど
　

西尾（か吉良吉田）行き、として走っていくのを見かけました

1000系は吉良吉田には入れません。カーブの関係上・・・
私の予想ですが、そこら辺は1600系（1602〜1604F）と8800系で調整してるのではないでしょうか？
1600系も犬山線や河和線などの運用もありますし、常滑競艇の特急もありますので・・・。

＞1000系は吉良吉田には入れません。カーブの関係上・・・

物理的に入線不可（車体がぶつかる）というわけではなく
信号、構内踏み切りなどとの関係ではないでしょうか？
5500系4連でもいっぱいいっぱいに止まっていましたので
車体が長い1000系4連では踏み切りにかかってしまうかと・・・。

行き先幕に「吉良吉田」が入っていませんにも関わらず
「蒲郡」が入っていますのは吉良吉田を通過すれば行けるということでは？

と、勝手に妄想してみましたが、真相はどうなのでしょうね。

　１０００系の吉良吉田入線は聞いたことがないのでおそらく１６００系の試運転をしている間は他の３連特急でやりくりしているのでしょう。
　ところで

＞5500系4連でもいっぱいいっぱいに止まっていましたので
＞車体が長い1000系4連では踏み切りにかかってしまうかと・・・。

５５００系でいっぱいって事は７０００系が入線していたときはどうしてたんでしょうね。５５００系４連と７０００系４連では１メートル７７センチの差があるのですが。それに吉良吉田駅ホームはカーブしているので内側と外側では多少ホームの長さが違うので外側（駅舎側）なら何とか入れるのでは？　まぁしかし仮に入線しても両先頭車のパノラマ席側のドアはホームとかなり隙間があると思いますが。